Instituto taryba veikia nuo 1957 m., kada buvo įkurtas Lietuvos sveikatos apsaugos ministerijos Onkologijos mokslo tyrimo institutas. Taryba buvo patariamasis Instituto direktoriaus organas, svarstant pagrindines Instituto mokslinės veiklos kryptis, vertinant Instituto struktūrinių padalinių mokslinę veiklą, tvirtinant konkurso komisijų išvadas dėl Instituto mokslinių struktūrinių padalinių vadovų, vyresniųjų bei jaunesniųjų mokslo darbuotojų.

Reorganizavus Institutą į Lietuvos onkologijos centrą, kuris 1996 m. įgijo valstybinės mokslo įstaigos statusą, mokslinės, gydomosios paskirties ir veiklos tęstinumą, išliko ankstesnės Tarybos funkcijos, be to, Taryba kartu su Centro direktoriumi tapo Centro valdymo organu.   

Įkūrus Vilniaus universiteto Onkologijos institutą, Instituto taryba yra aukščiausiasis Instituto savivaldos organas. Taryba, vadovaudamasi reglamentu, nustato pagrindines Instituto mokslinės veiklos kryptis, svarsto Instituto sutarčių su Vilniaus universitetu projektus ir pakeitimus, nustato Instituto mokslo darbuotojų kvalifikacinius reikalavimus, darbuotojų atestavimo ir konkursų pareigoms užimti organizavimo tvarką, tvirtina mokslinių darbų temas, atlieka Instituto veiklos analizę, teikia rekomendacijas dėl onkologijos mokslo laimėjimų diegimo į praktiką.  Posėdžių metu priimti sprendimai protokoluojami.

Instituto tarybos narių skaičius nustatytas Universiteto senato. Tarybą sudaro 19 mokslininkų, iš jų 6 tarybos nariai pasiūlyti  Vilniaus universiteto senato.